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    人類的世界驚現原始恐龍，阿萊達星獸基地被恐龍凶獸龍始祖入侵等等，這一樁樁怪事為何發生？答案竟和龍源紀的一道鎮守令——龍的密令遺失相關！鬥龍戰士們將如何對抗這股來路不明的黑暗力量？他們將會麵對怎樣的重重磨難？人類世界能否回歸和平？帶著這一係列的疑問，鬥龍戰士們，開啟新的旅程吧!

    相傳在恐龍消失之後，宇宙空間中遺留了八大恐龍空間，龍源紀是繼鬥龍世界、星龍聖域、以及古烈山之後，科學家發現的第四大恐龍空間，也就是恐龍起源地之一。然而幾百年前龍源紀迎來一場浩劫，一道不為人知的指令藏在龍脈山峰，黑暗力量就此蔓延。人類的世界驚現原始恐龍，阿萊達星獸基地被恐龍凶獸龍始祖入侵。

    恐龍凶獸龍始祖入侵的原因和龍源紀的一道鎮守令，“龍的密令”遺失相關，隻有拿到龍的密令才能恢複力量。阿迪、匹匹龍、卡維力和森美拉作為人質被劫持到龍源紀，關在龍號角島。情況危急，凱風等人向太古教授求助，但太古教授也不知道龍的密令是什，大家隻得求助於鬥龍戰士。

    卡維力和森美拉被帶到龍號角島、藍天畫和東方末先行趕去營救，對於東方末不顧團體的行為，小熠十分不滿。隨後，擔任隊長的小熠和夥伴們也啟程前往龍源紀。小熠、凱風、百諾、子耀、狄古穿越時空，召喚升級後的寶貝龍，展開龍源紀冒險之旅。

    鬥龍戰士們麵對的敵人是黑化東方末和黑化藍天畫，聯手六頭怪龍對付小熠等人，卡維力和森美拉也被修改成暗屬性成了反派。而另一邊，阿迪和匹匹龍撒謊逃出魔掌，遭遇這的恐龍。大家都不願相信東方末和藍天畫要造反，東方末則稱自己要重組鬥龍團隊，代替小熠的隊長之位。