“萬物的主人 ()”

    故事講述的是從東京都西部被分割出來的這座都市中，“超能力開發”被列為學校課程的一部分（學生作為人體科學實驗對象）。在二百三十萬人口中，有八成都是學生，所以被稱為學園都市。他們每天都在超能力開發上進行相互競爭。根據能力高低不同，可以分為7級，從無能力（level 0）到超能力（level 5）（level 6為絕對能力者）。故事的主角上條當麻是學園的一個無能力者，但並非完全沒有能力，他的能力是能夠將一切異能之力無效化。他隻有右手能夠使用這種能力，還給自己的這種連上帝的奇跡都能抹殺的能力取名為幻想殺手（Imagine-breaker）。而正因為他的右手似乎把神的祝福都給抹殺掉的緣故，導致自己一直過著不幸的生活。某一個暑假的日子，在家的陽台上，他遇見了一位修女；這位少女自稱自己的名字叫“茵蒂克絲”（Index），並是從魔法的世界逃了出來，現在正在被魔法師追趕中。就這樣，上條當麻一腳踏進了奇妙而美麗又黑暗的世界，開始了上條當麻與禦阪美琴的戰鬥……掌握了十萬三千本究極魔法書（魔導書）的少女與擁有抹殺一切奇跡的神上之手的少年，將麵臨一係列故事……

    這是一座占據東京西方大部分區域的巨大都市。由於230萬居民之中有八成是學生，因此這被稱為“學園都市”，而且居住在這的學生們，必須接受開發超能力的特殊教育。學園都市的某名高中生上條當麻，被判定為及格邊緣的無能力者（LV0），因為他的右手擁有“消除所有異能之力”的神秘力量。而且右手的這種力量，甚至將他身上的“神的庇護”一並消除，使得他總是過著不幸的人生。在暑假的某一天，一名純白的修女從天而降來到上條的房間，這名少女表示，她是從“魔術”的世界逃離出來的人。

    為了參加暑修，總之上條先把神秘修女藏在自己的房間。然而在他回家之後，卻發現茵蒂克絲躺在血泊中。這是追捕她的魔術師下的手。紅發，眼睛下方有條碼，身穿漆黑的修道服。自稱史提爾．馬格努斯的這名高瘦青年，忽然朝著上條詠唱符文魔術……！遭遇火焰魔人“獵殺魔女之王”的襲擊，上條陷入九死一生的危機，然而應該昏迷不醒的茵蒂克絲，卻張開眼睛開始說出神秘的話語。