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    空中巴士的劫機驚魂落幕，上條和茵蒂克絲平安抵達愛丁堡。與神裂會合後，一行人前往倫敦白金漢宮後，在騎士派領導人騎士團長的帶領，上條等人謁見了英國女王伊莉莎及三名皇女，並開始進行會議。為解決以歐陸隧道的爆炸意外為發端，英國正逐漸遭受到孤立的現況，在女王伊莉莎的命令下，騎士團長為首的騎士派負責調查法國方麵及歐陸隧道爆炸意外的真相；神裂為首的清教派則著手調查已潛入倫敦、意圖改變整個英國的魔法結社“新生之光”的行動。

    第二皇女凱莉莎的主導下，騎士派開始在英國本土內展開行動。凱莉莎認為要顛覆英國在英國清教和學園都市為首的科學勢力及以羅馬正教和**成教為首的魔法勢力之間的大戰中岌岌可危的處境，唯有讓英國自兩大勢力中獨立出來形成三足鼎立的局勢才能夠拯救英國。為了解除手中“正統卡提納”的使用權限，凱莉莎的下一步是要鏟除英國女王伊莉莎以及她的姊妹們。當遭到追殺的第三皇女被凱莉莎逼到走投無路的那一刻，一個男人突然現身，並改變了戰局…。

    騎士派的騎士團長與神之右席“後方之水”威廉．奧維爾的激戰持續著，麵對騎士團長操作自身武器“模式”以及消抹敵人武器“攻擊力”的雙重術式，後方之水陷入苦戰，在激戰的最後究竟哪一方能夠勝出…。另一方麵，正準備逃向必要之惡教會藏身之處的第三皇女薇莉安意外與上條碰麵，並且在天草式的協助下順利脫離險境。為了瓦解第二皇女主導的政變，天草式向上條提出了一項作戰的請求…。

    為了阻止凱莉莎的企圖，上條等人駕車疾駛於倫敦街道，準備與位在白金漢宮的凱莉莎展開最終決戰。盡管有來自大型靈裝“女巫羅盤”的遠距離炮擊支援，以及隨後趕到的各方人馬的協力作戰，然而眾人麵對手持正統卡提那的凱莉莎不但無法取得優勢，甚至遭受全次元切斷術式的壓製。在這個時候，英國女王伊莉莎帶著某項秘密靈裝出現在凱莉莎麵前。動蕩整個英國本土的軍事政變，如今局勢即將在這一刻產生巨大的變化…！

    在經曆學園都市暗部之間的激戰後，暗部組織“集團”成員回歸到任務與日常交錯的生活中。有一天，“集團”的全體成員收到學園都市統括理事會的命令集合，任務內容為殲滅挾持孩童做為人質、威脅要引爆位在學園都市地底深處的超大型粒子加速裝置的kbfz“迎電部隊”。任務在集團成員的合作之下順利解決，然而過程之中，他們意外發現了學園都市最高機密、代號為“龍”的暗部的相關情報…。

    得知瀧壺所在的大樓遭到kbfz挾持後，濱麵連忙乘著直升機從樓頂進入大樓內部。然而，當他來到kbfz所在的樓層時，卻發現kbfz已經全數遭到殲滅。然而，他同時也發現了學園都市最強能力者，等級五的一方通行向瀧壺靠近的身影，誤以為一方通行是一切幕後後黑手的濱麵，鼓起了勇氣舉起手槍指向一方通行…。

    為了打聽“龍”的情報，“集團”的成員潛入了統括理事會成員潮岸的據點，分散的成員們各別展開了激戰。在激戰的最後，一行人終於成功找到了潮岸，並且當麵向他質問“龍”的情報。對此，潮岸表示“龍無所不在”的意思究竟是…