歲末，張名振猝死。死前曾言：

    “吾於君母恩俱未報，若母屍不獲，毋收吾骸。”

    言畢起坐，擊床而逝，死不瞑目，猶凜凜有生氣。

    後葬於普陀勾山南嶴村。張名振原本遺囑由張煌言統領其軍。

    而鄭成功卻下令由陳六禦接掌。

    次年清軍再度占領舟山，陳六禦陣亡。

    在將士的推戴下張煌言成為原魯監國係統軍隊的主要領袖，繼續同鄭成功聯合作戰。

    順治十五年（永曆十二年、1658年），永曆帝封鄭成功為延平郡王，張煌言為兵部左侍郎。

    同年清軍進至雲貴，鄭成功、張煌言進軍浙江，攻克樂清（今浙江溫州樂清）、寧海（今浙江寧波寧海縣）等地。

    在羊山遇台風，損失巨艦百餘艘，漂沒戰士八千餘人，被迫撤回廈門。

    順治十六年（永曆十三年、1659年），張煌言與鄭成功一起，為牽製大舉向雲貴地區進攻的清軍，再次率義軍入長江作戰。

    先是，義軍抵達並占領崇明。張煌言對鄭成功建議：

    “崇明，江、海門戶”，宜先將義軍“定營於此”，

    稍事休整，務使義軍“進退有所據”。

    但鄭成功未聽從。當時，駐防長江的清軍，在瓜洲金、焦二山間橫上攔江鐵索（俗稱“滾江龍”），且在沿江兩岸遍置西洋大炮，防守頗為堅固。

    張煌言卻率義軍乘十七條船機警巧妙地破壞了江防防線，在後援的鄭軍配合下，“翦江而渡”，於六月一舉攻占瓜洲。

    攻克瓜洲後，張煌言又向鄭成功建議全力攻取鎮江。

    然鄭成功顧慮駐守江寧（南京）的清軍將趕往支援。

    張煌言則主張可先派一支舟師水軍，佯攻直搗江寧北門，即觀音門，這樣“南京清軍自不暇出援”。

    同時，他還提議這支水軍應溯江而上，前往蕪湖一帶活動，以防阻江楚方麵清軍的來援。

    鄭成功采納了意見，並命他向南京方向進攻。

    此時，張煌言所率義軍將屬人數不滿一萬，渡江之舟不滿百艘，仍毅然率軍西行。

    不久，張煌言攻克儀真，並進軍六合，沿途受到沿江民眾的熱烈歡迎，

    “儀征吏民齎版圖迎降五十外”。

    當得悉鄭成功攻克鎮江後，張煌言又致信鄭成功，言及當“先撫定夾江郡縣”後，再從陸路進軍，直取南京。

    但鄭成功未采納他的建議，“竟從水道進”。

    致使有利戰機瞬間喪失，而南京清軍得以喘息並獲後援而鞏固城防。

    六月二十八日，張煌言軍直抵南京觀音門外江麵，停留兩日仍不見鄭軍的到來。

    隻得派遣別的將領率輕舟數十艘的水軍，“直（西）上攻蕪湖”，他自己則率軍駐紮在浦口。

    待鄭成功率“水師”到達後，張煌言又於七月七日趕到蕪湖。

    在此，他“部勒諸軍”，將義軍兵分四路，分道攻城略地，且在沿途“移檄諸郡縣”，張貼文告。

    許多故明降清的舊官吏，見到文告，紛紛倒戈。

    “於是太平、寧國、池州、徽州、廣德及諸屬縣皆請降”，使義軍很快便收複了四府、三州、二十四縣，城池近三十座。