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    在學園都市製作的宇宙升降機“恩底彌翁”完成在即的某一天，上條當麻和茵蒂克絲與一位無能力者（Lv0）少女鳴護艾麗莎相遇了。

    茵蒂克絲與艾麗莎兩人因為“旺盛的食欲”這樣謎一般的羈絆而意氣相合起來，就在三人享受放學後的愉快時光之時，帶著魔術師的史提爾突然發動了襲擊。而本次襲擊的目標正是艾麗莎。為何身為科學世界的艾麗莎會被魔法世界的人追擊？因為受到了魔法世界的強烈攻勢，學園都市一側的莎特奧拉率領著秩序維護部隊開始了行動。

    上條與茵蒂克絲還有艾麗莎他們因被卷入這樣的狀況而極度混亂迷茫，史提爾對他們這樣說道：“那的她，將會引發魔法世界跟科學世界之間的戰爭。”

    在科學與魔術魔法交匯之時，以“恩底彌翁”為舞台的故事開始了！

    在麵積占據東京都西部的三分之一，居住著230萬名人口，其中八成人口是學生的巨大都市“學園都市”中，學園都市和外部隔離，研究最尖端科技。所有學生都接受超能力開發，並大都借由藥物、催眠術與通電刺激等方式取得超能力。有各種類型不同能力，以範圍和威力分為無能力者、低能力者、異能力者、強能力者、大能力者和超能力者。故事從學園都市最強的電擊公主“超電磁炮”禦阪美琴，某天認識了和白井黑子一樣擔任風紀委員的初春飾利開始……

    超過一百八十萬名學生齊聚一堂，接受超能力開發課程的“學園都市”。位居都市的頂點，學園都市最強的電擊公主“超電磁炮”禦阪美琴，某天認識了和黑子一樣擔任“風紀委員”的初春飾利，以及初春的好朋友佐天淚子。意氣相投的四人，一同快樂享受著放學後的這段時光，然而初春卻發現麵前的銀行有異狀……

    美琴邀請初春與佐天到宿舍房間玩，不過這天是黑子和美琴成為室友的滿月紀念日，擅自想要和美琴單獨慶祝這一天的黑子自然不是滋味。即使黑子努力表露心意，也因為自己的某項企圖被發現，演變成一場壯烈的超能力大戰。察覺騷動而前來處理的舍監，不隻將兩人嚴格訓斥一頓，還命令她們打掃遊泳池作為處分……