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    被稱作“學園都市”的東京西部的巨大都市中，進行著超能力的開發。在此接受特殊課程而獲得能力的學生被分為“無能力（Level 0）”到“超能力（Level 5）”等六個階段，位於頂點的就是七名的“超能力（Level 5）”。其中禦阪美琴是能夠自由操縱電力的“電擊使”中最上位的能力者，擁有“超電磁炮”異名的她是在常盤台中學就讀的14歲女子中學生。作為後輩，同時是“風紀委員”的白井黑子，景仰大小姐的初春飾利，和她那喜歡都市傳說的朋友佐天淚子。這樣的同伴們一起過著和平但又有點奇妙的日常生活，但突然之間學園都市的“黑暗”逼近了……

    佐天淚子和初春飾利被不良少年騷擾，及時趕來的禦阪美琴和白井黑子為她們解了圍。作為學園都市僅有的七個level5的超能力者之一，美琴一直是大家仰慕的對象。這一天美琴和另一位level5的食蜂在圖書館發生了衝突，隨後美琴等人在醫院探病時遇到了匪徒襲擊事件，春上被匪徒劫持作為人質，美琴和黑子趕在匪徒逃跑之前將其全部製伏。

    美琴和黑子一同去購物，在去購物商場的路上黑子帶著美琴抄了近道。兩人卻在狹窄的小巷子遇到了許多尋找東西的行人，原來附近出現了在偏僻地方可以撿到現金卡的傳言。為了調查這一事件，當晚美琴跟隨一夥不良少年進入了可疑現金卡的來源地大樓。不良少年在大樓內被神秘少女用詭異的能力全滅後，美琴出現在了神秘少女麵前。

    學園都市又出現了多起目擊類似美琴的人出現的事件，類似的傳言逐漸的多了起來。美琴從神秘少女處得知了她發放現金卡的目的是為了破壞正在進行的神秘計劃，同時想起來了年幼時曾經在醫院捐獻過DNA的事情。當晚，換裝後美琴潛入了製藥公司調查，在這她發現了秘密的超電磁炮克隆計劃，就在她即將離開時她的克隆體也來到了這。

    認為自己調查清楚真相後的美琴心情很好，和初春、黑子、佐天等人一同外出購物，幾個人聊天時又談論到了克隆level5的傳言。與此同時，秘密實驗室中的禦阪妹妹們仍然在被批量生產著。次日美琴在公園陪小朋友們玩了一天之後，她卻突然感覺到了與自己類似的力量，順著感應一路追尋而來的她終於見到了自己的克隆體。

    美琴見到克隆體後和克隆體一同救下了樹上的小貓。為了套出克隆體知道的秘密計劃，美琴一路跟蹤著她。當晚克隆體去做實驗時美琴離開了，美琴通過初春翻譯出了從克隆體處得到的密碼。另外一邊禦阪妹妹和一方通行開始了戰鬥，美琴得知了真相後趕到了戰鬥結束的場地，目睹了一方通行殺死禦阪妹妹後，她憤怒的向一方通行發動了攻擊。

    美琴對一方通行發動了攻擊，充滿憤怒的她利用磁力召喚了地底的鐵砂對對方進行攻擊，但是一方通行利用自己的能力毫發無傷。禦阪妹妹們隨後到來阻止了兩人的戰鬥，失望的美琴之後從布束口中得到了更多關於秘密計劃的情報。隨後美琴決定繼續進行調查並找出真正的幕後主使人，為了不牽連別人，她決定獨自一人開始行動。

    在美琴的調查下，DNA樹圖的數座研究機構同時遭到了襲擊。消滅掉七成的目標後終於引起了敵人的警覺，美琴決定獨自潛入研究機構，為了阻止禦阪妹妹的實驗美琴給自己了很大壓力。黑子因為美琴不願意告訴她原因而感到失望，也決定開始調查。此時，研究所的敵人已經知道了美琴的入侵計劃，並準備針對她展開行動。